Bei einem Dreiwochentrip würde ich die Strecke einmal fliegen (ich nehme an, dass ihr von Jakarta auch wieder abfliegt), von Jakarta bis Denpasar, dem Flughafenort in Süden von Bali, gibt es ganz gute Verbindungen. Und einmal würde ich fahren. Sehr günstig wäre die Fahrt mit einem Fernbus, das empfehle ich aber nicht, da auf Java sehr wild gefahren wird. Deshalb empfehle ich, zunächst von Jakarta mit dem Zug nach Yogyakarta zu fahren (unbedingt eine schnelle Direktverbindung wählen!). Dort würde ich Station machen. Ein pauschal gebuchter Tagesauflug bringt Euch von dort z.B. zum buddhistischen Tempel Borobudur, zum hinduistischen Tempel Prambanan sowie aufs Dieng-Plateau. Ab Yogyakarta dann doch mit dem Bus weiter, zum Beispiel mit einem Zwischenstopp am Vulkan Mount Bromo, einer Kraterlandschaft mit einem tätigen Vulkan in der Gegend von Probolinggo. Von dort weiter nach Bali wieder mit dem Bus und natürlich der Fähre.