Was den Zug anbelangt, hat Gardi recht, da fährt sogar eine ICE (in Richtung Wien). Was die Autobahn anbelangt, irrt Gardi, denn Du brauchst ab Regensburg nicht auf der Bundesstraße zu fahren, vielmehr geht die A3 direkt bis Passau (und dann weiter nach Linz). - In Passau emfehle ich Dir, eine 3-Flüsse-Fahrt mit dem Schiff zu machen (Ablegestelle nahe Rathaus an der Donau), allerdings befährt man dabei nicht die Ilz (nicht schiffbar). Man kann vom Rathaus aus (daneben ist ein interessantes Glasmuseum im "Wilden Mann") auch den Donaukai bis zum Dreiflüsseeck entlang gehen, dann den Innkai am Schailbingsturm vorbei und dann hoch zum Dom, wo empfehlenswerte Orgelkonzerte stattfinden. - Von der Veste Oberhaus aus, die mit Auto, Bus oder zu Fuss zu errreichen ist, hat man einen tollen Blick auf die Altstadt (siehe Video), die Anlage ist teils frei begehbar, teils befindet sich darin ein Museum.
http://www.youtube.com/watch?v=uDV0N9-llY4