Klar geht das, es gibt sogar Pauschaltouren die dann noch die Torres Del Paine anhängen. Einfach mal in einen Reiseverlauf eines Kommerziellen reinschauen und dann die Sachen rausstreichen, die nicht gebraucht werden oder mit anderen Tourenvorschlägen kombinieren.Die hier dürfte dem schon recht nahe kommen:
https://www.intakt-reisen.de/amerika/peru/grosse-suedamerika-rundreise/
Für Chile müsste dann nur der Süden durch den Norden ersetzt werden. Aus der Atacama-Wüste kommt man übrigens recht gut mit Inlandsflüge nach Santiago oder noch weiter südlich.
Als ich selbst unten war, bin ich von Santiago aus geflogen, nach Puerto Montt hingegen bin ich mit dem Schiff gefahren.