Auf Malta ist das beste Verkehrsmittel der Bus. Von daher mal nach Verbindung Malta/Airport - Gozo suchen. Von Malta nach Gozo fahren Fähren und drüben wieder Busse. Das Bussystem ist sehr gut erschlossen und preiswert - es war z.B. unser einzigster Urlaub bisher ohne Mietwagen.

Zuerst: es gibt nirgendwo auf der Welt, was man unbedingt gesehen haben "muss". Aber es gibt vieles, was unvergesslich ist. Und das ist sehr subjektiv. Ich fliege seit 20 Jahren nach Kreta und hier ein paar Dinge/Orte, die ich empfehlen kann:

• Mietwagen ist unerlässlich, um Kreta zum ersten Mal kennen zu lernen. Kreta hat nur im Norden eine "Autobahn", im Süden gibt es in der Regel Stichstraßen zum Meer und wenige Querverbindungen, wunderschöne Strecke über Dörfer von etwa Plakias nach Loutro.
• Navi kann hilfreich sein, Kreta ist gut erschlossen, es gibt paar Besonderheiten in den Meldungen bei Navi.
• Den Süden würde ich nicht auslassen, ab Rethymnon gibt es eine gute Straße. >> Matala, Agia Galini, Plakias, Frangokastello.
• Kleine Dörfer nicht nur durchfahren -> Mirthios, Sellia, Komitates 
• Die Samaria-Schlucht ist voller Leute und in der Saison sehr heiß, alternativ (und wunderschön) Imbros-Schlucht (ab Komitates kriegt man Taxi zum Einstieg - oder nur die Hälfte machen und zurück), Aradena Schlucht, Dorf Aradena
• Im Norden Kissamos mit kleinem Hafen, der Westen ist von anderen schon beschrieben, Chania ist sehr schön, 
• im Osten Richtung Sitia an der Strecke ein großer Alabaster-Steinbruch - alles blendend weiß
• Südosten im Hinterland von Ferma Dörfer, einfach anschauen und was essen.
• Knossos für historisch Interessierte sollte man einplanen. Toll sind die Ausgrabungen um Festos im Süden (Matala, Kalamaki in der Nähe)
• Reiseführer von Müller reicht vollkommen, Karte würde ich in Kreta kaufen
• Noch ein Tipp: Wenn der Flughafen Heraklion ist, lohnt sich auf alle Fälle ein online Check-in, es ist nicht so lustig, in der Hitze auf dem völlig überlasteten Flughafen in einer langen Schlange zu stehen.

Unser Lieblingsort seit Jahren ist Plakias im Süden. Von dort aus läßt sich viel unternehmen und kennen lernen. Unterkünfte gibt es reichlich, das hängt vom Anspruch ab. Wir wohnen im Paligremnos, urig griechisch geführt aber kein Sterne Komfort. Dafür fallen wir quasi aus dem Bett ins Meer - z.b. unser Anspruch. Etwas mehr Komfort ein paar Straßen drin, dann eben kein Morgenbad aus dem Bett. Auto ist unbedingt zu empfehlen, sonst verpasst man das urige Kreta mit seinen kleinen Bergdörfern. Wers am Anfang braucht, kann sich auch gut aufs Navi verlassen, es gibt ein paar Besonderheiten, die man dabei beachten muss, aber man kommt gut durch. Ansonsten - Kreta ist ein Traum, wir fahren schon 7 Jahre hin und es ist immer noch nicht langweilig.